پرونده دیگری که باعث دردسر برای استقلال شده است، شکایت بویان نایدونف هافبک مقدونیه‌ای است. این بازیکن در لیگ شانزدهم و نیم فصل دوم به استقلال پیوست. او به دلیل مصدومیت دو ماه دور از میادین بود و خیلی هم نتوانست کارایی لازم را داشته باشد.